هنیه در سال ۱۹۶۲ در اردوگاه مخیم الشاطئ در نوار غزه به دنیا آمد. او در دانشگاه اسلامی غزه تحصیل کرد، و با مدرک لیسانس در رشته ادبیات عربی در سال ۱۹۸۷ فارغالتحصیل شد.در سال ۱۹۹۷ به ریاست دفتر حماس منصوب شد. هنیه در انتخابات فلسطین در سال ۲۰۰۶ پیروز شد و به این ترتیب دهمین نخستوزیر کشور فلسطین شد. تا اینکه محمود عباس در ۱۴ ژوئن ۲۰۰۷ هنیه را در اوج درگیری فتح و حماس از سمت خود برکنار کرد، اما هنیه این فرمان را نپذیرفت و به اعمال قدرت نخستوزیری در نوار غزه ادامه داد. در سپتامبر ۲۰۱۶، گزارشها حاکی از آن بود که هنیه جایگزین خالد مشعل به عنوان رئیس دفتر سیاسی حماس خواهد شداو در ۶ مه ۲۰۱۷ به عنوان رئیس سیاسی حماس انتخاب شد.اسماعیل هنیه رئیس دفتر سیاسی حماس از سال ۲۰۱۷ تا ۲۰۲۴م. وی سمتهای دیگری همچون نخستوزیر تشکیلات خودگردان فلسطین، ریاست دانشگاه اسلامی غزه، دبیر پیشین هیئت امنای دانشگاه اسلامی غزه و رئیس دفتر شیخ احمد یاسین را داشت.
وی در بامداد ۱۰ مرداد ۱۴۰۳ش در محل اقامتش در تهران، پایتخت ایران، ترور و کشته شد که واکنشهای متعددی از سوی رهبران سیاسی و مذهبی داشت. مراجع تقلید مانند آیتالله خامنهای و نوری همدانی شهادت هنیه را تسلیت گفته و محکوم کردند. گروههای مقاومت اسلامی همچون حزب الله لبنان، جنبش انصارالله یمن، جنبش جهاد اسلامی فلسطین، نخستوزیر لبنان، وزیران خارجه کشورهایی همچون چین، ترکیه، روسیه، سوریه، پاکستان و قطر، تشکیلات خودگردان فلسطین، جنبش فتح، جریان حکمت ملی عراق ترور هنیه را محکوم کردند.


